南京鼓楼医院集团仪征医院始建于1978年,前身是中国石化仪征化纤职工医院,1991 年成为南京医科大学第三附属医院,2004年完成第一次改制,2012年二次改制,加入金陵药业股份有限公司,加盟于南京鼓楼医院集团,更名为“南京鼓楼医院集团仪征医院”。在鼓楼医院的大力帮扶下,医院综合实力显著提升,医教研协同发展。于2019年,医院与高校再度合作,成为扬州大学医学院附属医院。
1994年,医院通过国家二级甲等医院验收; 1995年通过国家爱婴医院验收;2018年,医院召开创建三级医院动员大会,开启全面发展新征程,计划到2022年,通过评审成为三级综合医院。